由于MES制造執行系統相當復雜，要想導入成功，發揮最佳效益，除了系統本身功能齊全外，一套具體實用的導入方案也很重要。以機械所協助廠家導入經驗為例，導入MES制造執行系統的步驟簡述如下:
(1) 選擇MES制造執行系統。
國外的一些MES制造執行系統經歷了相當一段時間的市場經驗，功能可以說是非常齊全。但是他們的系統價格昂貴，對于普通的中小型行業來說是一筆非常大的投資，而且由于功能繁多，很容易在以后的維護中造成困難。但是MES制造執行系統功能中不適用于這個特定行業的部分也必須進行定制和修改。
(2) 建立項目團隊。
為了讓MES制造執行系統開發團隊充分了解定制化的功能需求，生產管理部門的同事也必須參與到行業內項目的全過程中，負責熟悉系統管理和運行模式，從而對生產線上的其他用戶進行教育。另一個目的是在項目完成后，掌握部分系統維護的能力。
(3) 制定時間表。
項目組成立后，雙方開始了緊張的討論，首先，他們必須制定出時間表。如果項目的時間進度計劃是十個月，大致分為:第一個月是系統標準模塊的描述;第二個月討論定制功能，定制功能開發周期為第三個月到第五個月，第六個月到第七個月進行系統的PilotRun，最后三個月進行正式上線。
(4) MES系統標準模塊描述。
MES制造執行系統標準模塊是整個系統的核心，需要對標準模塊進行講解，對行業內的項目團隊進行教育培訓，在項目團隊的個人電腦上安裝標準版試用程序，用操作手冊練習各個系統的基本功能設置。
(5) 定制系統功能探討。
經過相當程度的了解，比較分析系統功能與行業生產方式的差異，作為開發定制功能的依據。討論的內容包括公司的轉換模式、MES制造執行系統參數的設置模式、生產工藝規劃、與ERP系統的集成模式。定制功能的規劃一定要非常仔細，因為完成后修改設計不僅會影響進度，還會造成嚴重的錯誤。
(6) MES系統功能測試。
為了驗證定制功能項的正確性，需要模擬一些生產條件并在MES制造執行系統中實現。從生產和批發物料的跟蹤到入庫和包裝，包括切割操作后執行批拆分、更換生產單元、將次品退回倉庫、檢查次品記錄、切換機器狀態等消息。并測試與ERP系統集成的有效性。
(7) 用戶教育和培訓。
每個使用MES制造執行系統的員工都能正確使用和操作系統，這是MES制造執行系統成功上線的重要關鍵因素。因此，當定制功能開發完成后，項目團隊需要對其他操作人員進行在線生產管理、質量控制、物料管理和制造方面的教育和培訓，以達到企業管理計算機化的目標。
(8) 系統安裝和試運行
然后安裝MES制造執行系統，設置項目數據和各站權限。在線操作人員一方面在MES制造執行系統中記錄生產數據，同時還需要保留舊的記錄方式如工藝卡等形式。經過一段時間的試用，對實施現狀和問題進行分析和修改。
(9) 系統正式上線。
經過PilotRun的測試驗證，確認MES生產管理系統的正確性和穩定性滿足要求，工廠相關系統用戶能夠熟練使用系統，然后系統就可以正式上線了。