MES制造執行系統是一種先進的生產管理理念，一個好的MES制造執行系統體現了一種科學、規范、細致的生產管理方法。因此，決策者在選擇MES制造執行系統時，實際上是在企業中引入了一種全新的標準化生產管理方法。另一方面，企業的生產管理人員形成了許多適合行業特點、自身特點和領導特點的生產管理方法，這些方法符合自己的文化特點，在生產過程中發揮著重要作用。
遵循標準化、科學化的MES制造執行系統或堅持靈活的企業特征已成為決策者必須解決的問題。
通常有三個答案:
1.完全采用MES制造執行系統先進的方法，犧牲企業本身的特點;
2.遵循企業生產管理的特點，對MES制造執行系統進行“大手術”;
3.既采用先進的MES制造執行系統系統方法，又符合企業的生產管理特點。
方法一：實施周期短，系統功能完善。缺點在于生產人員適應期長。
方法二：實現周期長，系統錯誤率高;優點是生產人員適應期短。
方法三：是折中的方法，關鍵在于把握其度。一般成熟的MES制造執行系統只允許不超過20%的定制開發工作量。如何利用好這20%的特性，是企業在實施MES之前要仔細規劃的問題。
自主開發VS選擇成熟產品。
目前我國制造企業MES建設有兩種模式:一種是選擇成熟產品的咨詢實施模式，一種是自主建設模式。大多數企業選擇第一種模式，但一方面，由于管理文化的特點和中國制造企業的一些落后，MES制造執行系統在中國制造企業中似乎水土不服，許多功能模塊無法在企業內部推廣;另一方面，市場上的一些MES制造執行系統產品在技術和管理理念上不成熟或者缺乏實施經驗，導致企業對MES制造執行系統產品的滿意度較低。因此，一些R&D實力和資金實力較強的企業選擇了自主發展的模式。
兩者相比，自主開發實現周期長，系統維護復雜，但應用見效快;選擇成熟的產品實施周期短，系統維護工作量小，但應用緩慢。但大多數選擇自主開發的企業都有一定的實施背景條件，比如承擔大型科研示范項目，或者在國際合作中引進一款原型軟件并進行消化。對于國內大多數企業來說，選擇成熟的產品進行適當的二次開發是比較明智的。
繼承歷史VS新實現。
很多企業在選擇MES之前，信息化建設不是空白，或者MES已經實施但應用不成功，或者個別應用大量存在。面對大量的歷史投資，每個決策者都希望利用好歷史體系，保護投資。希望新實現的MES生產管理系統能夠與歷史系統接口，并利用其部分或全部功能。兼容性是新建MES制造執行系統系統的基本要求，但新系統在兼容的同時必然會被舊系統延遲，這是保護投資必須付出的代價。
因此，是否使用舊系統，如何利用好舊系統，應該在系統建設前統一評估和規劃。基本原則是:一是保證新體制建設目標的實現;第二，在第一條的前提下，最大化歷史制度的價值。